棕櫚科多組學綜合分析數據庫

　　近日，入駐海南大學三亞南繁研究院、海南省崖州灣種子實驗室的熱帶作物學院羅傑教授團隊利用椰子、油棕等棕櫚科植物的多維度組學數據，構建了棕櫚科多組學綜合數據庫，相關研究成果在線發表在植物學知名期刊Plant Biotechnology Journal上。

　　棕櫚科物種是熱帶地區最具特色的植物之一，包括號稱世界油王的油棕、號稱沙漠麵包-生命之樹的椰棗、含有生命之水-天然飲料的椰子、具有檳榔鹼的檳榔等，它們不僅是重要的油料作物，也是重要的景觀和藥用植物。

　　目前，油棕、椰棗、椰子等棕櫚科植物基因組被相繼破譯，並隨之產生了大量的組學數據，但該領域的研究還沒有整合的生物信息學數據庫。羅傑團隊聯合合作單位在2021年發布了兩個高質量椰子基因組，在此基礎上，團隊對油棕、椰棗、椰子、檳榔、省藤和黃藤六個物種的七個基因組數據、1,631個變異組數據，866個轉錄組數據及138個代謝組數據進行整合分析，並嵌入了12個常用的生物信息學分析工具，構建了棕櫚科首個多組學綜合分析平台ArecaceaeMDB （http://arecaceae-gdb.com）。

　　該平台提供了六個物種多個組織和時期的轉錄譜和代謝譜的查詢，並提供了六個物種基因的註釋功能、轉錄因子、基因家族、同源基因、以及對應水稻和擬南芥同源基因等多種信息的查詢，提供了針對特定基因或特定區域的變異信息查詢。同時提供了Blast、eFP（基因和代謝物）、Jbrowse、共線性分析、GWAS分析、GO和KEGG富集分析、進化樹構建、序列提取等多種常用工具。該平台在未來會持續更新，增加更多的數據及分析工具，致力於為棕櫚科基礎研究和遺傳育種研究提供有力的分析平台。【延伸閱讀】- 中國發布3000份水稻基因組研究計畫成果

資料來源

• 海南大學三亞南繁研究院